比較対象の文書のページ数が異なっているのですが、MIIDEL（ミーデル）で比較することは可能ですか？

プレビュー画面で、比較したいページどうしを対応させる編集が可能です。ページの追加や削除、白紙ページの挿入などをユーザが設定できるため、ページ数が異なっていても問題ありません。